Die Magerwiesen im Naturpark sind zwar nährstoffarm, aber gerade deshalb Lebensraum für einige Tier- und Pflanzenarten, die sich gegen die Konkurrenz in wüchsigeren Wiesen nur schlecht durchsetzen können.
In dieser Region kann bereits ab 500 bis 600 Höhenmetern die Clusius Primel angetroffen werden, die magere Rasen und steinige Stellen bevorzugt und weltweit nur in den nördlichen Kalkalpen vorkommt.

Die Gebirgslandschaft der NÖ Eisenwurzen beheimatet mitunter den Alpensalamander, dessen erwachsene Exemplare sich mithilfe eines giftigen Hautsekrets vor Fressfeinden schützen. Eine Besonderheit ist, dass die Larvenentwicklung, im Gegensatz zu anderen Amphibien, im Mutterleib stattfindet und die Jungtiere sofort an Land lebensfähig sind. Dies stellt eine Anpassung an den Lebensraum dar, wo es am kalkigen Untergrund kaum Wasserstellen gibt.

Auch zahlreichen Insektenarten bietet der Naturpark einen Lebensraum.